対象地の爬虫類および両生類の生息種を調査し、爬虫類相および両生類相の把握を行います。哺乳類調査とまとめて「小動物調査」として行うこともあります。
基本的に目撃や捕獲、鳴き声で生息を確認します。また、特定の種に対して有効な捕獲罠を設置し、捕獲によって生息を確認します。